А чем налоговая обосновывает сумму 250 тыс?
Цитата: п3. 1) имущественный налоговый вычет предоставляетсяв размере фактически произведенных налогоплательщиком расходовна новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации одного или нескольких объектов имущества, указанного в подпункте 3 пункта 1 настоящей статьи,не превышающем 2 000 000 рублей.
У Вас долевая собственность - 2/4 = 1 млн.
Кроме того, вычет по % по кредиту
Цитата: 4) имущественный налоговый вычет в суммефактически произведенных налогоплательщиком расходов на погашение процентов по целевым займам (кредитам),фактически израсходованнымнановое строительство либоприобретениена территории Российской Федерации жилого дома,квартиры, комнаты или доли (долей) в них,приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них, а также на погашение процентов по кредитам, полученным от банков в целях рефинансирования (перекредитования) кредитов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них.